Die Kirche wurde 1561 für die Bedürfnisse griechisch-orthodoxer Seefahrer, die im Dienste Venedigs standen, erbaut. 1685 errichtete man auf Initiative des kroatischen Bischofs Girolama Priulija neben dem orthodoxen Altar einen katholischen Altar, der dem Hl. Franz geweiht war und um den sich eigens ein römisch-katholischer Geistlicher kümmerte. Infolge des Bombardements der Russen 1807 wurden Kirche und Kloster beschädigt. 1811 machten die Franzosen daraus eine Festung und der Gebäudekomplex verlor ab diesem Zeitpunkt jeglichen religiösen Zweck: Später nutzten die Österreicher die Mauern als Befestigung, 1858 richtete der berühmte Wissenschaftler Grgur Bučić darin eine der ersten Wetterstationen Kroatiens ein und in der zweiten Hälfte des 20. Jhd. erstand ein Freiluftkino. Heute dient der Komplex als Multimediacenter und Nachtclub.